分子对接 · 虚拟筛选 · AI 分子设计
页面不卡顿，分子间可随时停止
彩色半透明球 = 勾选的口袋（与左侧色点同色，仅第 2 步显示） · 蛋白以带状结构显示 · 配体按模式着色
Vina-GPU Web 是一个免费的在线分子对接与虚拟筛选平台，面向小分子药物发现：上传蛋白质受体与配体后自动识别结合口袋、计算结合亲和力（kcal/mol），并可对选定口袋批量筛选分子库。
内置约 3.2 万分子（天然产物 8,456、FDA 批准药物 3,016、激素相关 7,030、内源代谢物 13,902、基准测试集 30），也可上传自有 SDF / MOL / MOL2 / SMI 文件或粘贴 SMILES。
支持多口袋对接、批量虚拟筛选、CSV 与 PDBQT 结果导出、针对指定口袋的 AI 分子设计，以及结合模式的 3D 交互查看。免注册、免登录。
完全免费，无需注册或登录，打开网页上传受体与配体即可开始对接。
受体支持 PDB 格式（自动去水、补氢、计算电荷）或直接使用 PDBQT；配体支持 PDBQT 或 SDF / MOL / MOL2 / SMI（自动转换为 PDBQT）。批量筛选还可上传文件夹中的多个文件，或每行一个 SMILES。
内置约 3.2 万分子，共 5 个库：天然产物库 8,456、FDA 批准药物库 3,016、激素相关库 7,030、内源代谢物库 13,902、基准测试集 30（含参考分）；可多选同时参与筛选。
队列达到上千个分子时，建议先用「极速预筛」档粗筛，命中的分子再换「标准（推荐）」或「高精度」档复核，兼顾速度与准确度；在「对接精度」处可一键切换，也可在高级参数里手动指定并行搜索数与搜索深度。
结果给出的是结合亲和力（kcal/mol），数值越低（越负）表示预测结合越强；同一口袋、同一参数下的分子之间可直接比较排名。
可以。勾选多个识别到的结合口袋后，每个口袋会分别建立对接盒子并独立计算，结果列表会标注每条记录来自哪个口袋。