HDOCK-plus

蛋白–蛋白 / 蛋白–DNA / 蛋白–RNA 对接 · GPU 全速计算

蛋白–蛋白 / 蛋白–DNA / 蛋白–RNA 对接(建议上传完整亚基/链)

上传受体与配体(蛋白或核酸 PDB),自动预测复合物结合构象;建议上传完整亚基/链(而非结构域片段)以获得更可靠的对接结果

点击选择或拖拽 PDB 文件到此处

PDB 格式(.pdb,蛋白或核酸)· 通常是较大的分子(蛋白/核酸)

点击选择或拖拽 PDB 文件到此处

PDB 格式(.pdb,蛋白或核酸)· 通常是较小的分子(蛋白/核酸)

rsite/lsite 残基约束 + restr 距离限制(HDOCK 官方约束语义)

上传受体与配体(蛋白或核酸)后即可开始

3D 结构显示器

上传受体与配体(蛋白或核酸)后结构在此展示;对接完成后叠加显示结合构象

上传受体与配体后,双方 3D 结构将在此展示

对接完成后可叠加查看结合构象 · 支持拖拽旋转

受体 olive 带状结构 · 配体构象按结果行着色 · 支持拖拽旋转缩放

HDOCK-plus 是什么 · 常见问题

HDOCK-plus 是本站的生物大分子对接引擎,用于预测蛋白–蛋白、蛋白–DNA、蛋白–RNA 复合物的结合构象:受体与配体各上传一个 PDB 文件即可,无需自行去水或补氢。

可设置旋转角步长与随机种子,并支持基于残基/链的约束对接(rsite / lsite / restr,与 HDOCK 官方约束语义一致)。

结果给出结合模式打分与 RMSD,可在 3D 视图中逐条叠加查看,并可导出包含 top10 复合物结构的 ZIP。免注册、免登录。

HDOCK-plus 支持哪些类型的对接?

支持蛋白–蛋白、蛋白–DNA、蛋白–RNA 三类生物大分子对接。

需要上传什么格式?要自己先做预处理吗?

受体与配体各上传一个 PDB 文件(.pdb / .ent)即可,不需要自行去水或补氢;建议上传完整亚基或整条链,而不是结构域片段,以获得更可靠的对接结果。

对接结果包含什么?可以导出吗?

结果给出结合模式列表(每条的 Score 与 RMSD)、可在 3D 视图中叠加查看的复合物结构,并支持下载 ZIP(含 top10 复合物 PDB、原始 .out 结果与输入结构)。

约束对接怎么用?

勾选「启用约束对接(活性位点导向)」后,填写受体侧残基 rsite、配体侧残基 lsite 与距离限制 restr,引擎按 HDOCK 官方约束语义施加约束;若填写的残基与结构不匹配会给出提示。

有测试用例可以快速试跑吗?

有。点击「载入 1CGI 官方测试对」即可载入官方测试受体与配体,也可用同一入口载入住点约束示例,直接点击开始对接体验完整流程。